D
由题意“限制酶I的识别序列和切点是-G↓GATCC-，限制酶II的识别序列和切点是-↓GATC-”可知，限制酶I的识别序列中包含了限制酶II的识别序列和切点，所以能被限制酶I识别并切割的序列也可以被限制酶II识别并切割。目的基因两端分别是限制酶I的识别序列和切点和限制酶II的识别序列和切点，只有用限制酶II才能将目的基因切割下来；质粒有GeneI和GeneⅡ表示两种标记基因，分别有限制酶II的识别序列和限制酶I的识别序列，如果用限制酶II切割，则GeneI 和GeneⅡ都被破坏，造成重组质粒无标记基因，用限制酶I切割，则破坏GeneⅡ，保留GeneI，其黏性末端和切割目的基因所在DNA的黏性末端相同，可以连接形成重组DNA；目的基因和质粒虽然用了两种不同的限制酶，但是切割出来的黏性末端是一样的。D项正确。
