B
解：A．NaCl中Na和Cl元素之间以离子键结合，HCl中Cl和H元素之间以共价键结合，所以两物质含有的化学键类型不同，故A错误；
B．CO2 分子中C元素和O元素之间以共价键结合，H2O中H元素和O元素之间以共价键结合，所以CO2和H2O所含的化学键类型相同，故B正确；
C．H2CO3中元素之间以共价键结合，KCl中Cl元素和K元素之间以离子键结合，所以两物质含有的化学键类型不同，故C错误；
D．MgCl2中Cl元素和Mg元素之间以离子键结合，SO2中S元素和O元素之间以共价键结合，所以两物质含有的化学键类型不同，故D错误；
故选B．
