B
解：A．氨气分子中氮原子含有孤电子对，但氢原子不含空轨道，所以不能形成配位键；水分子中氧原子含有孤电子对，但氢原子不含空轨道，所以不能形成配位键，故A错误；
B．铵根离子中氮原子含有孤电子对，其中一个氢原子含有空轨道，所以能形成配位键；水合氢离子中氧原子含有孤电子对，其中一个氢原子含有空轨道，所以能形成配位键，故B正确；
C．氮气分子、次氯酸分子中都不含空轨道的原子，所以不能形成配位键，故C错误；
D．三氯化磷分子中磷原子含有孤电子对，但没有提供空轨道的原子，所以不能形成配位键；铜氨络合离子中铜含有空轨道，氮原子含有孤电子对，所以铜氨络合离子中含有配位键，故D错误；
故选B．
