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构成生态系统的分解者有各种微生物，一些低等的动物，如蚯蚓、羌螂等等，其中主要的分解者是细菌和真菌等微生物，生产者、消费者和分解者这三级结构，以及大气圈、水圈、岩石圈这三个圈层，构成了物质循环的回路，微生物无论在生态系统中是何成分，必然参与生物圈的物质循环。生态系统中的生产者是自然界的植物和营自养的微生物担任的，如进行化能合成作用的硝化细菌，厌氧的光合细菌红硫细菌、绿硫细菌等。固氮微生物可为豆科植物提供氮素，这确实是光合作用过程中必不可缺的矿质元素，但光合作用的过程所需的能量是光反应产生和呼吸作用分解有机物释放的，和固氮生物无关。
